治43年(1910)8月20日,高砂製糖株式會社所修建的九曲堂至旗尾的鐵道線開始營運。蕃薯藔驛(旗山車站)站體約創建於大正2年(1913)至大正4年(1915)間。八角形尖頂彷如西方童話世界裡的小屋,然而三角形屋頂、山牆和內部骨架儘是日本傳統建築工藝,特別是當時相當流行的「褲腰屋根」,更是滿滿的日本風。如此一來,整體建築構成一種獨特且深富多重視覺享受的和洋混搭式樣,至今仍顯得輕巧與別緻。二戰後,隨著公路運輸的便利性逐漸取代旗尾線的鐵道運輸,五分車逐漸回歸載運砂糖原料與成品,1970年代製糖業也沒落,民國67年(1978)旗尾線停駛,民國71年(1982)拆除全線軌道,只剩下火車站本體和幾根位於河床上的橋墩。後來歷經幾度波折,終於民國94年(2005)7月公告為歷史建築。
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