鳳鼻頭考古遺址最早是在1940年代由日本人金子壽衛男發現；第二次世界大戰末期，考古學家坪井清足在鳳鼻頭考古遺址山坡挖掘戰壕時，發現夾雜許多陶片和石器的地層（文化層）戰爭結束之後他便開始進行研究並寫成報告發表。
鳳鼻頭考古遺址
1960年臺灣大學地質學系林朝棨教授在鳳鼻頭考古遺址地層中發現三處由史前時代人類吃完的貝殼所堆成的貝塚，1965年，美國耶魯大學與臺灣大學合作在遺址中做發掘調查，發現大量的陶器、石器、貝殼、獸骨等等，耶魯大學張光直教授依據這些出士標本以及地層資料、碳十四定年分析結果，確認鳳鼻頭考古遺址裡包含新石器時代繩紋陶文化與龍山形成期二大文化系統，代表來自不同地區的史前人類在不同時間渡海抵達台灣，留下內容不同的文化遺留。
1994年中央研究院歷史語言研究所劉益昌副研究員到本遺址進行發掘研究，指出遺址裡的史前文化體系包括大坌坑文化、牛稠子文化鳳鼻頭類型和鳳鼻頭文化，延續時間距今約5200年前到2000年前，並可能有年代更晚的蔦松文化清水岩類型。這些考古學研究顯示，鳳鼻頭考古遺址區域距今五千多年前開始就有史前人類居住，他們所留下的不同史前文化層分別代表台灣西南部平原地區主要的新石器文化，而豐富的遺留物也讓學者們得以復原當時人群的生活方式。這些研究發現奠定了鳳鼻頭考古遺址作為台灣西南部地區代表性史前遺址的地位。
遺址大事記
民國30年(西元1941年)
首位發現遺址者
民國30~32年(西元1941~1943年)
登陸遺址名稱為「中坑門遺址」
民國42年(西元1953年)
民國54年(西元1964~1965年)
民國69年(西元1980年)
將遺址文化層分為大坌坑文化、牛稠子文化、大湖文化、蔦松文化。
民國75年(西元1986年)
黃士強先生於《臺灣史前文化簡介》提出鳳鼻頭文化一詞。
民國83年(西元1994年)
劉益昌、楊鳳屏《鳳鼻頭遺址的範圍與文化》中進行地表調查與試掘，以確認考古遺址三個文化層推積狀況，及初步劃定遺址分布範圍。
民國99年(西元2010年)
委託台灣打里摺文化協會首次調查遺址範圍內全區生態環境資源。
民國108年(西元2019年)
委託國立成功大學考古學首次研究調查遺址指定範圍西側、西北側、東南側等 3 區塊。
史前文化層與年代
文化層的形成是由於史前人類所留下的各種物品和痕跡，在士壤沖積的過程中慢慢地被埋進土裡，形成一層又一層堆疊的樣貌。因此，埋得越深的文化層，年代越老，在地層中的位置比較上方，埋藏深度比較淺的文化層，相對年代也比較晚。除了用上下位置判斷年代早晚之外，研究者們也會使用碳14定年分析法等等科學實驗來取得文化層的絕對年代資料。此外，藉由對遺留物的種類、樣式、製作技術和現象的分析，也能在一定程度上復原當時人群的生活樣貌。透過這些分析研究，研究者們發現在鳳鼻頭考古遺址中有好幾個史前文化層，各個史前文化都有自己的特色和存續時間，分別代表史前時代不同時期的不同人群。
近現代地層
包括清代、日本時代到現代人生活遺留的地層。
鳳鼻頭文化層(新石器時代晚期)
距今約3500-2000年前，出土遺物有紅褐素面夾砂陶、彩陶、黑陶和磨光黑陶。器型有罐形器、杯形器人碗形器等，並有陶紡輪、帶孔墜飾；石器有石斧、石鋤、石錛、石刀、石鏃、網墜、玦和石環等。另外還有骨尖器和貝塚等遺留。
牛稠仔文化鳳鼻頭類型(新石器時代中期)
距今約4300-3500年前，出土遺物以繩紋紅陶為主，並有部分夾砂紅、灰陶和泥質紅陶，器型有罐、奉、瓶、缽，並有陶蓋、紡綞、圈足。器型多樣且具有不同功能；石器主要為橄欖石玄武岩製，器型為石斧、石鋤、石鏃、石刀、靴形石斧（刀）、石錛等。
大坌坑文化層(新石器時代早期)
生土層與岩盤
未發現有人類活動痕跡的自然地層。
鳳鼻頭考古遺址的史前遺留
陶片
以陶土製成的各種容器，是古代應用最廣的器物。
陶紡輪
利用旋轉的方式將纖維旋繞成線束，是捻線不可或缺的工具。
穿孔石刀
薄片狀的有刃石片，穿洞後綁繩子在手上，用來收割穀栗。
石質斧鋤型器
長條片狀的打製石器，綁上木頭柄後可以用來鋤地，是不可或缺少的農具。
石箭簇
磨製精良的三角形箭簇，穿孔後與箭桿結合成箭支，用於狩獵。
除了探究器物的模樣與用途外，我們也可以從不同時代的器物去探究當代的生活軌跡及技術的演進！
